Linux云桌面

SP云桌面系统

SP云桌面系统基于Web界面,可以实现跨平台支持,支持系统包括Windows、MacOS、Linux、iOS、Android等多种主流操作系统,支持浏览器包括IE10+、Firefox、Chrome、Safari等多种主流浏览器。支持用户跨Windows、MacOS、Linux、iOS、Android多种OS,使用一套账号加密访问所有云平台软件功能和底层设备。可以通过所内局域网进行访问,并且实现不少于5用户同时在线进行计算作业。

软件图形化显示

       SP云桌面可以实时显示常用业务软件的GUI,包括但不限于Relion、Pymol、Coot、CCP4,并且在用户获取MotionCor2许可证的前提下,在Relion中集成MotionCor2功能。(以下截图由用户提供)

电镜在线预约系统

  1. 用户管理模块

2. 权限角色模块

3.设备管理模块、包含设备分类、设备规格参数、计时及计费单位、设备管理人员;

4. 预约管理模块

5. 机时计费模块

6. 通知公告模块

On-the-fly电镜数据一体化自动流程管理系统

德锐特公司的On-the-fly电镜数据一体化自动流程管理系统SP-Fly可以同时管理多台电镜数据,使用Session模式管理原始数据和处理结果。SP-Fly对数据进行高速预处理,包括漂移矫正、CTF估算、自动挑选颗粒、自动2D分类。并实时将结果反馈给用户,方便用户根据结果调整数据采集方案。目前SP-Fly系统使用4张3090 GPU卡,可以实现每分钟>3张 K3图像的处理速度。

1.管理界面

2. 参数输入界面

3. 结果反馈界面

电镜数据分析流程应用软件安装与运维

1、单颗粒应用软件的安装、维护与持续升级

SP团队时刻关注冷冻电镜领域软件的更新迭代,在第一时间对最新版本进行周密测试,在保证软件常用功能没有bug的前提下,给用户及时更新相应软件。

2、格式转换脚本

SP团队拥有多年的软件使用经验,并且根据用户需求,开发出MotionCor2、Unblur、Gctf、Gautopick、Relion3/4、cisTEM、EMAN1/2、以及Relion3/4和cryoSPARC软件之间的格式互转互通脚本。保证用户在升级之后,依然能够正常将数据导回老版本软件,让用户放心升级软件,解除后顾之忧。

3、冷冻断层应用软件的安装与维护

    目前常用的冷冻断层应用软件包括IMOD、Peet、EmClarity、Dynamo。在集群调用上,EmClarity和Dynamo有天生劣势,SP团队从代码层级对EmClarity和Dynamo进行调优,保证软件可以正常运行在集群上,并实现跨节点运行。

4、其他电镜应用软件的安装、维护和升级

    SP团队在国内外的客户应用案例上有多年经验累积,帮助用户安装过晶体学、生物信息学、分子动力学、量子力学等等多个领域的软件,常规的数据处理软件都可以提供安装、维护和升级服务。冷冻电镜领域目前有很多新的软件在萌芽,SP团队会根据测试结果,给用户推荐最能解决用户问题的软件,并且提供安装、维护和升级服务。

5、单颗粒数据处理的专家培训

    SP团队拥有多位应用专家,其中高能越博士和柳维博士会定期在苏州举行冷冻电镜软件,目前已经举办27期培训,拥有丰富的培训经验。培训内容包括Linux基础、Relion原理和上机实操、CryoSparc原理和上机实操、cisTEM原理和上机实操、Chimera图像处理。

6、针对所内集群Intel CPU配置优化Relion3/4编译

    Relion针对于Intel的AVX-512扩展库进行了性能优化,SP团队会给用户部署基于Intel AVX-512扩展库的Relion版本,帮助用户提高数据处理效率。

7、利用脚本提高解结构工作效率

    根据用户需求,进行数据处理脚本定制。目前SP团队已经为用户提供多个star文件处理脚本,包含cryosparc转换relion后的兼容处理脚本、star文件指定信息增删查改脚本、polishing原始数据路径链接脚本等,并且SP团队提供预处理和后处理接口软件,使用SP-Fly预处理的结果可以正常接入Relion project流程管理。

    另外,SP团队深度定制了Relion的预处理脚本,完善了Relion预处理GUI,并且可以根据用户需求进行进一步定制。

8、模版化和工程化多个SP软件之间的协同工作,满足定制需求

    SP团队提供基于Relion标准定制接口的校本化定制,包括在Relion里正常接入最新AI挑颗粒软件的输入输出信息,基于AI图像筛选、颗粒筛选的输入输出信息,基于离线sharpen的结果信息。使用户能够在Relion里管理所有软件的结果文件,便于用户模块化、批量化管理结果。

Close Menu