冷冻电镜超算系统解决方案

冷冻电镜平台通常会有300kV Titan Krios电镜,200kV电镜等数据采集设备,电镜会配备直接电子探测相机Gatan K3和Falcon用于图像数据采集。由于冷冻电镜数据处理的复杂性,相关科研项目的开展需要强有力的计算平台作为支持,从而可以满足大规模图像数据收集、处理、存储的需求。我们提供的集群建设,可以与冷冻电镜设备完美配套,共同满足科研人员在蛋白质、病毒、生物大分子等结构生物学领域的研究需求。

我们提供的集群项目为交钥匙集成项目,建设一套完整的冷冻电镜数据处理平台,包含分布式存储模块、高性能计算模块、集群系统模块、高性能计算网络模块、冷冻电镜软件应用和技术支持模块(包括数据采集)、数据预处理模块以及平台正常运行所必须的配套设施,需要具有易于安装、扩展、操作、监控和升级的特点。

数据采集

SerialEM定制化工具

>支持多元数据收集方式

>准确+高效的数据收集流程

提供:

-SinglePartile数据自动化采集

-Tomo数据自动化采集

-Micro-ED数据自动化采集

HPC高性能集群

定制化计算和存储平台

>根据平台指定完整配置方案

>高性能计算+海量存储

提供:

-针对SP/Tomo等计算节点

-分布式海量存储方案

-完整的数据链路,优化每个环节数据传输IO

数据预处理

实现自动化预处理

>支持相机高达300张/小时采集

>输出和主流处理软件匹配的数据格式

提供:

-SP/Relion/Warp/CryoSParc等可选方案

-提供数据同步方案,提高数据传输效率

数据处理

CryoEM全流程方案

>相关软件预装及维护

>SP自研软件及工具包

>AI自动化处理流程

提供:

-SPA/Tomo/MD等支持任务监控软件

-SP虚拟桌面

-Relion计算模拟软件

-AI挑颗粒定制化模型

专家支持

全方位专业技术支持

>CryoEM专家顾问及HPC高级工程师团队运维

>SP/MD等多方向专业化技术培训

提供:

-7*24H CryoEM 专家Helpdesk Ticket 系统服务

-Serial EM多等级培训

-SPA软件多等级培训

-分子动力学多等级培训

SP云桌面界面展示

SP云桌面系统/SP Cloud Desktop System

强大的兼容性

SP云桌面系统基于Web界面,可以实现跨平台支持,支持系统包括Windows,MacOs,Linux,i0SAndroid等多种主流操作系统,支持浏览器包括 Firefox,Chrome,Safari等多种主流浏览器

全智能账号

支持用户跨多种OS,使用一套账号加密即访问所有云平台软件功能和底层设备;通过内部局域网进行访问,并提供10个免费用户同时在线进行计算作

软件图形化显示

可实时显示常用业务软件的GU1,包括但不限于Relion, Pymol, Coot, CCP4,并且在用户获取MotionCor2许可证的前提下,在Relion中集成Motioncor2功能

电镜在线预约系统/ CryoEM Online Reservation System

用户管理模块
User Management Module

简化用户管理,安全权限控制,个性化用户体验

权限角色模块
Permission Role Module

为不同用户或用户组分配不同的权限,确保系统安全和合规性。简化管理流程,提高管理效率

设备管理模块
Device Management Module

实时设备状态监控根据可用性和优先级进行设备分配,提高设备利用率和管理效率

预约管理模块
Reservation Management Module

灵活的预约流程,自动检测和避免预约冲突,用户可以方便地选择设备、时间和实验要求,灵活安排实验计划

机时计费模块
Time Charging Module

根据实验时间和设备使用情况,准确计算机时费用,提供透明和准确的计费信息,提供分析和报表功能,帮助用户进行资源管理和决策

通知公告模块
Notification bulletin module

向用户发送及时的通知、公告和重要信息,提高用户感知度和参与度。用户可通过个性化设置选择通知方式和频率

实时预处理软件/
REAL SP PREPROCESSING SOFTWARE

    • 提供实时的远程监控功能,让用户能够随时了解单颗粒数据的采集情况
    • 支持同时适配多台电镜,提高效率
    • 实时向用户提供样品状态、数据采集和处理进展的详细信息,增加用户对实验过程的了解和控制
    • 在数据采集过程中,提供即时可视化的初步结果,使用户能够快速了解实验进展,即使数据采集尚未完全结束
    • 通过自动化监测和反馈机制,软件能够提供自动监测和辅助决策支持,帮助用户更好地管理实验过程
    • 软件具备高效快速的数据处理和操作速度,自动化功能提高效率,交互性强的界面和广泛兼容性,确保用户的良好体验和方便的使用环境
实时预处理软件界面
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