背景回顾
在上一篇文章《CryoSparc转Relion进阶流程2》中，我们强调了Movie文件的格式为tif。如果是mrc或eer格式，则CryoSparc和Relion的颗粒文件中，颗粒坐标可能存在翻转的情况。如果Movie文件是tif格式（已做过gain），则不存在翻转的情况。但是，如果Movie文件是tif（未做过gain），在做完gain correction后，会存在x和y坐标互换的情况。本文将重点演示在转换CryoSparc和Relion的颗粒文件时，如何保证颗粒坐标和Micrograph坐标能够正确对应。并且，我们会简单讲解一下文章中所用到的sed命令，方便用户理解。
具体操作
在操作之前，我们强烈建议：对于一套新的数据，请按照本篇文章里的方法先进行测试，然后再批量转换。
Part 1
此处我们用mrc格式做一个演示，解决如下两个问题：
问题一、 如何通过一张图像判断CryoSparc和Relion中颗粒坐标的翻转方式
问题二、如何在转换时，处理这种翻转
- 对于问题一，我们可以采用如下方法：
1. 在CryoSparc中导入一张mrc格式的Movie，这个Movie需要有比较好的衬度。在CryoSparc的任务界面上，我们可以清晰的看到图像中的特征
2. 在Relion中，对这个Movie做Motion Correction和CTF Estimation。并且提交一个Manual Pick任务，这样我们可以查看这张图像。
3. 对比CryoSparc中Import任务的图像，和Relion中Manual Pick任务的图像，我们可以直观地观察到两个软件在处理mrc格式的Movie时，存在上下翻转。（如下图）
- 对于问题二，我们可以采用如下方法：
可以在用csparc2star.py脚本转换颗粒时，加上–inverty参数。如果是左右翻转，则加上–invertx参数。如果是x和y坐标交换，需要加上–swapxy参数。注意，某些情况下，pyem会默认施加–swapxy参数，此时如果不希望交换xy坐标，需要加上–noswapxy参数。
由于CryoSparc和pyem一直处于更新之中，有可能在某次更新之后，–invertx、–inverty和–swapxy参数并没有按照我们的期望去进行转换。为了确认我们使用的参数可以得到正确的转换结果，我们可以通过以下步骤来验证转换之后的颗粒坐标是否正确。
1. 假设CryoSparc项目目录为/ssd/CS-convert，Relion启动目录为/ssd/relion-convert。
2. 我们分别在CryoSparc和Relion中，导入一张mrc格式的Movie，假设文件路径为/ssd/relion-convert/apo.mrc。
3. 我们在CryoSparc中对之前导入的那一张Movie做Patch Motion Correction和Path CTF Estimation。并且提交一个Manual Picker任务（假设任务为J4），在这个任务中，按照类似于下图的方式选取5个颗粒（L型，5个点，如下图）。注意，在选取点的时候，不要太靠近边缘，box size也尽量设置的小一些，否则CryoSparc会自动丢弃靠近边缘的颗粒
4. 进入J4目录，加载pyem环境。对于某些老机器，需要执行最后一步。新机器无需执行最后一步。
cd /ssd/CS-convert/J4module load condamodule load pyemconda activate pyem
5. 将cs文件转换为star文件，并查看这个star文件的内容。可以从最后5行内容中找到刚刚选取的5个颗粒的坐标（下图红线标注）。
csparc2star.py extracted_particles.cs from_csparc_J4.star --invertycat from_csparc_J4.star
6. 在Relion中，对这个Movie做Motion Correction和CTF Estimation。并且提交一个Manual Pick任务（假设为job004），然后随便选5个点，并且保存颗粒坐标。此步的目的是为了在Relion启动目录内生成ManualPick/job004/apo_manualpick.star文件。使用vim编辑器打开这个文件，并且上一步获取的颗粒坐标替换掉star文件里原来的坐标（下图红线标注）。
7. 此时，在Relion界面选中ManualPick/job004，并点击Continue按钮，在弹出的窗口点击Pick按钮，就可以再次查看颗粒挑选位置，此时的颗粒位置就是CryoSparc转换之后得到的颗粒位置（如下图，为了方便对比，已将Relion的图像进行上下翻转）。
Part 2: sed命令介绍
由于我们在前面的两篇文章中多处使用到sed命令，这里我们对sed命令做一个简单的介绍。
sed命令的功能非常强大，我们这里仅仅使用了它的替换功能来批量替换文件中匹配的字段。使用如下的命令格式，可以将file中符合OriginalPattern规则的字段替换成TargetPattern字段。这个命令中，-i参数代表直接在原文件进行替换，单引号中的s，g和斜杠是固定搭配，不能改动。
sed -i 's/OriginalPattern/TargetPattern/g' file由于我们要匹配的字段不是完全一样的字段，而是符合某种规则的字段，因此我们需要在OriginalPattern用到通配符。这里我们用上一篇文章（链接）中修改Micrograph路径信息的sed命令举例。
sed -i 's/J5\/motioncorrected\/.\{21\}_/MotionCorr\/job002\/Movies\//g' from_csparc_J11.star这个命令的目的是把形如J5/motioncorrected/000760776739431268277_的字段替换成MotionCorr/job002/Movies/。首先，我们会发现，OriginalPattern中的J5后面不是直接跟着/，而是\/。这是因为/是特殊字符，如果需要OriginalPattern里面有/，必须先用转义字符\进行转义。如果不加转义字符\，则/会被解释为别的意思。所以，在OriginalPattern和TargetPattern的/前面我们都会看到\。
其次，每个Micrograph文件名中都会有一串独特的数字（例如000760776739431268277），我们需要用通配符.\{21\}去匹配。.\{21\}中的.代表任意一个字符，\{21\}是对.的修饰，代表.重复了21次，也就是有21个任意字符。通过这样的OriginalPattern，我们就可以匹配任意一个Micrograph路径了。
最后，相信这套更加完善的CryoSparc与Relion数据转换流程系列文章，能够给广大的Cryo-EM科研人员带来双软件耦合的全新体验，极大地简化数据处理工作，起到事半功倍的作用。