课程背景：
该公益合集主要介绍如何使用Amber软件及其相关工具，包括模拟体系搭建、力场参数加载、模拟参数设置、模拟任务提交、模拟结果分析及其结构使用PyMol可视化等。该系列视频教程主要研究对象包含水溶性蛋白、膜蛋白、核酸分子DNA/RNA体系、药物配体分子等。
视频观看途径：
关注公众号 “SingleParticle”，回复文字“分子动力学” 即可获取学习链接。
课程大纲：
- 生物分子动力学模拟简介
- Amber22和AmberTool23软件安装
- Amber分子动力学模拟前PDB文件处理注意事项
- Amber软件工具中的Anthchamber模块的使用说明
- Amber力场参数文件格式介绍
- Amber软件工具中LeaP模块的介绍和使用
- Amber分子动力学模拟输入输出文件内容参数介绍
- Amber分子动力学模拟-人工多肽分子SINGLEPARTICLE
- Amber 分子动力学模拟-SP4206分子结合IL2靶点蛋白过程模拟I
- Amber 分子动力学模拟-SP4206分子结合IL2靶点蛋白过程模拟II
- Amber软件工具中的cpptraj和mdout_analyzer模块的使用说明
- 使用cpptraj工具进行PCA分析
- Amber分子动力学模拟-核酸分子体系DNAzyme体系的模拟
- Amber分子动力学模拟-膜蛋白体系模拟I
- Amber分子动力学模拟-膜蛋白体系模拟II
讲师介绍：
李鹏飞 博士 计算化学部副总监 苏州德锐特成像技术有限公司 专注于计算化学领域，主要研究方向为凝聚相下化学与生物体系的多尺度模拟和自由能精准高效计算。曾就职于Silicon Therapeutics（硅康医药有限公司），该公司于2021年被Roivant Science收购，同年与母公司一起在纳斯达克上市。现就职于苏州德锐特成像技术有限公司，并入选苏州市“姑苏重点紧缺专业人才”计划，主要负责计算化学平台的研发以及相关项目的开展。在专业领域内累计发表学术文章十余篇，成果得到国内外同行广泛认可。