前言
上期我们分享了CryoSPARC和Relion之间格式转换的小技巧；除此之外，使用Relion时，还有哪些小妙招或者是小方法和小技巧，能让我们快速提高工作效率？今天就给大家带来几个小妙招，建议点赞收藏。
一. 假定以下任务环境
1)/data/rawdata：用户放置原始数据的目录，该目录下的每一个子目录为一套数据，例如：/data/rawdata/dataset20220606为2022年6月6号采集的数据。
2)/data/relion：Relion项目目录，该目录下的每一个子目录为一个Relion项目，例如：/data/relion/project20220606为2022年6月6号创建的项目目录。
3)/ssd：用于Relion加速的缓存盘
二. 超实用小技巧
1)原始数据位置
Relion建议用户将原始数据放置在Relion启动目录的子目录中，例如/data/relion/project20220606/Movies。而大部分用户为了方便管理数据，是将原始数据放置在/data/rawdata/dataset20220606中。此时，需要使用软连接将原始数据目录链接到Relion启动目录中。虽然在Relion的最新版本中，可以将数据放置在Relion启动目录之外，在使用大部分任务时，也不会出现报错。但是对于某些任务，例如JoinStar，有可能star文件会出现奇怪的错误，导致无法进行下一步。因此，建议还是将原始数据软链接到Relion启动目录。
方法如下（注：以下命令中的$符号代表每行命令的开头，在实际输入命令时，无需输入$符号）
$ ln -s /data/rawdata/dataset20220606 /data/relion/project20220606/Movies2) Overwrite功能
在Relion任务运行中，有可能会出现任务报错导致任务停止，或者用户主动停止任务。此时，如果重新运行任务，并不会覆盖上一次运行的任务，而是创建了一个新任务。这就导致了任务列表中出现了很多无用的任务。为了解决这一问题，Relion提供了Overwrite功能，将报错的任务覆盖掉。
方法如下：
a) 在任务列表中点击需要覆盖的任务
b) 点击Overwrite按钮（Relion3在GUI左上角的File->Overwrite continue，Relion4在GUI中间的Job actions->Overwrite）
c) 修改任务参数，点击Overwrite（原来的Run按钮会变成Overwrite按钮）
3)清理临时数据
Relion在运行过程中，会产生大量的临时数据。在数据处理完成后，可以将这些数据清理掉，从而节省存储空间。
Relion提供了两种清理方式， Gently clean all jobs和Harshly clean all jobs（在GUI左上角Jobs列表中）。
- 使用第一种方式清理后，Relion会保留核心文件，用于任务运行，从而保证用户可以继续往下运行任务。
- 使用第二种方式清理后，不会保留核心文件，用户无法继续往下运行任务。
因此，建议用户在完成所有数据处理后，再使用第二种方式对数据进行清理。清理完成后，需要点击GUI左上角的File->Empty trash来清空回收站。
三. 科学提速方法
在进行数据处理时，可以采用一些方法来提升数据处理效率，从而有效提升工作站的利用率。
1)ssd加速
在Relion的2D和3D任务中，我们可以采用ssd对颗粒数据进行缓存，从而避免产生数据读写速率的瓶颈。开启该功能的方法是：在Compute标签，Copy particles to scratch directory参数中填入/ssd，然后正常提交任务即可。（如图1所示）
2)Rescale particles
在前期颗粒清理任务中（如2D分类和3D分类），我们可以通过rescale particles的方法来减小box size，从而加快计算速度。在清理完成后，可以重新提取颗粒（Re-extract particles），将颗粒恢复成原始尺寸，从而获取最优三维重构结果。（参数详见图2，图3）
Rescale particles：
Re-extract particles：
3)Particle subset
对于2D和3D分类任务来说，颗粒数量和运行时间的关系是非线性的。根据我们的测试结果，10万颗粒的2D分类时间为80min， 50万颗粒的2D分类时间为680min。因此，使用particle subset功能将50万颗粒分割成5份，分别进行2D分类，清理完之后再使用JoinStar功能合并，这样消耗的时间只有400min。（如图4所示）
4)Schedule功能
对于上述particle subset方法，如果需要用户等待上一个2D分类任务完成后，再手动运行下一个2D分类任务，最终消耗的时间可能大于680min，并且用户需要时刻关注上一个任务是否完成。而采用Schedule功能，就可以让任务自动地依次运行。
方法如下：
a) 在设置完任务参数后，不要点击Run按钮，而是点击Schedule按钮
b) 再设置下一个任务参数，设置完成后，依然点击Schedule按钮
c) 重复第二步操作，直至所有需要批量运行的任务都已经显示在Scheduled jobs窗口（如图5所示）
d) 点击GUI左上方的Jobs->Run scheduled jobs，在对话框里选择需要批量运行的任务，并点击Execute按钮。（如图6所示）
